La pensée d'Athanase Kircher est complexe, motivée par les raisons de son temps, et fait référence à des sources diverses (christianisme, platonisme, pythagorisme, pour ne citer que les sources les plus claires). Elle doit être minutieusement analysée pour être comprise. Kircher se révèle un personnage haut en couleur, qui n’a pas craint de s’exposer à la critique, ni de se livrer à certaines stratégies pour obtenir la reconnaissance de ses pairs.

Athanase Kircher est célébré de son vivant, mais sa postérité est ensuite méprisée, avant qu'il ne tombe complètement dans l’oubli. Selon Giunia Totaro, si la recherche reprend de l’intérêt pour Kircher à la moitié du 20e siècle, d’anciennes équivoques persistent, ainsi qu’une forte adhésion à la tradition et un manque de connaissance de l’œuvre, donnant lieu à des lacunes, de mauvaises interprétations, ou même des malentendus. Carlos Camenjetzki explique que, pour les chercheurs actuels, le travail d’Athanase présente le désavantage de ne pas entrer dans les schémas académiques traditionnels et d’être extrêmement difficile à comprendre, probablement aussi parce qu’il fait appel à des notions oubliées.

Pourtant Athanase Kircher est un monument scientifique de son époque. Il représente un modèle de pensée du 17e siècle en Europe prenant en compte de nombreuses cultures extrêmement différentes les unes des autres et bien des aspects de son travail, qui ont depuis été abandonnés, s’avèrent extrêmement intéressants et utiles à la recherche.

Aussi celui qui fait du travail d’Athanase Kircher l’objet de son étude a de bonnes chances d’éprouver la sensation que le jésuite avait lui-même ressentie en son temps face aux mystères de la science : tout à la fois l’appréhension et l’émulation que provoque un monument complexe et passionnant, dont la clé de déchiffrage a depuis longtemps été perdue et doit être urgemment retrouvée.