L’objectif des investigations scientifiques d’Athanase Kircher est précis : trouver la vérité du monde. Selon la conception théologique faisant alors foi, cette vérité aurait été cachée par Dieu dans la nature. Kircher recherche et tente donc de déchiffrer les indices menant, croit-il, à ce savoir originel enfoui. Selon lui, le déchiffrement du code de ce langage permettra d’atteindre la vérité donnée par Dieu à Adam, afin qu’il la transmette à l’humanité.

C’est donc en suivant cette conception théologico-mystique qu'Athanase tentera, tout au long de sa vie, de percer à jour les mystères de la nature et des langages humains. Observateur acharné, il prend tous les risques pour observer de lui-même ses objets d’étude : voyage dans des contrées lointaines, exploration de volcans…

C’est l’étude des volcans qui donne à Athanase Kircher l’idée de rédiger un traité entièrement dédié au monde qui se trouve sous la surface de la terre, le fameux Mundus subterraneus.

Mais Kircher ne s'arrête pas là, car sa soif de savoir est universelle. Ses explorations sont également intellectuelles : se basant sur les travaux de grands philosophes, il développe ses propres théories et schémas de pensées.

La reproduction ci-dessous montre la variante de Kircher de l’arbre de Porphyre (234-310), un philosophe néo-platonicien, qui découpe le réel selon la méthode définitionnelle de Platon : par division.

Alors que Raymond Lulle propose un Arbor Moralis et un Arbor Scientiae, Athanase Kircher reprend la structure ontologique de Porphyre afin de classifier « tout ce qui est ». Là où l’arbre s’arrête habituellement – à la substance première, « cet homme, Platon, etc. » – Kircher ajoute un niveau, celui du Christ (dans la mesure où il est un homme), qui joint des propriétés contradictoires (passible et impassible, temporel et éternel…). Au-dessus du Christ (en tant que fils du Père éternel) trône la Trinité symbolisée par un triangle au sein duquel se trouve un œil, Trinité de laquelle émanent des catégories, dans lesquelles se trouvent les dix-huit principes (neuf principes divins/absolus et neuf principes logiques/relatifs) organisateurs de la pensée de Lulle (Arbor Scientiae).